Stephen Hopkins ha iniziato la sua carriera come fumettista e poi come direttore artistico. Ha diretto video musicali, pubblicità e spettacoli teatrali in Australia, Europa e Stati Uniti.
Il film che ne ha segnato il debutto alla regia è l'australiano Ossessione fatale. È sua anche la regia di Nightmare 5 - Il mito; Predator 2, con Danny Glover; Cuba Libre - La notte del giudizio, con Emilio Estevez, Cuba Gooding Jr., Stephen Dorff e Denis Leary; Blown Away - Follia esplosiva, con Jeff Bridges e Tommy Lee Jones; Spiriti nelle tenebre, con Michael Douglas; Lost in Space, con William Hurt e Gary Oldman e I segni del male, con Hilary Swank.
Hopkins è stato produttore esecutivo e regista della prima stagione della serie TV di grande successo 24, ricevendo una nomination ai Golden Globe, agli Emmy e ai Directors Guild of America Award.
È sua la regia e la produzione dell'acclamata miniserie Traffic, per la quale ha condiviso una nomination agli Emmy. Ha diretto il film per la tv Tu chiamami Peter, insignito di ben nove Emmy, incluso quello come Miglior Regista oltre a un Emmy, un Golden Globe e uno Screen Actors Guild Award come Miglior Attore a Geoffrey Rush.
Successivamente è stato regista e produttore esecutivo dell'episodio pilota della longeva serie tv di Showtime Californication, con David Duchovny, e dell'episodio pilota della serie di ABC The Unusuals, con Jeremy Renner. È stato produttore esecutivo e regista anche di un'altra serie di grande successo di Showtime, House Of Lies. Per il suo ruolo di protagonista nella serie, Don Cheadle è stato premiato con un Golden Globe. Hopkins ha firmato anche la regia dell'episodio pilota della nuova serie di Fox Houdini and Doyle, con Michael Weston e Stephen Mangan, e nel 2016 ha diretto il film Race - Il colore della vittoria, sul campione olimpico Jesse Owens.